清华大学深圳国际研究生院是在清华大学深圳研究生院和清华-伯克利深圳学院的基础上拓展建立的。2001年创建的深圳研究生院在探索高等教育改革、服务地方经济与社会发展方面做出了许多积极的贡献；2014年设立的清华-伯克利深圳学院在高水平深度国际合作办学方面探索了有益的经验，为国际研究生院的创建和发展奠定了有力的基础。

在新的历史时期，国家部署推进粤港澳大湾区建设，推动形成全面开放新格局。大湾区要“打造教育和人才高地”，“建设国际教育示范区，引进世界知名大学和特色学院，推进世界一流大学和一流学科建设”。深圳确立了建设创新引领型全球城市、大湾区国际科技创新中心、全球新兴科技与产业创新发展高地和策源地，并加快发展战略性新兴产业的发展目标。为服务国家需求、助力区域发展，2016年11月4日，清华大学与深圳市人民政府签署协议，共建清华大学深圳国际研究生院。2018年11月6日，教育部批复成立清华大学深圳国际研究生院，并赋予国际研究生院充分利用深圳的区位优势和科技创新理念，不断提高人才培养质量和科学研究水平，为深化高等教育改革、服务国家和地区经济社会发展做出更大贡献的使命。2018年12月1日，市校签署全面战略合作框架协议，开启新篇章。2019年3月29日，清华大学深圳国际研究生院正式揭牌。